Perkuliahan di Mahad Aly memadukan antara tradisi pesantren dan perguruan tinggi. Tradisi pesantren yang dilestarikan di Mahad Aly yaitu pembelajaran bandongan dan sorogan yang dibimbing para masyayikh yang sudah diakui kapasitas keilmuannya secara akademik dan integritasnya di tengah-tengah masyarakat.
Sedangkan tradisi perguruan tinggi dilaksanakan pembelajaran yang berpusat pada mahasantri (student centered), yakni suatu jenis pendidikan dimana mahasantri diberi wewenang penuh untuk mencari, menemukan, dan mengembangkan informasi atau ilmu yang diperoleh. Sementara dosen bertindak sebagai motivator, fasilitator, dan pengarah dalam aktivitas belajar mengajar.
Secara umum, kegiatan belajar mengajar di Mahad Aly ditempuh dengan model klasikal yang dibina langsung oleh para dosen atau masyayikh dan model bimbingan intensif yang dibimbing oleh tim musyrif.
